Записывать всегда нужно на минимальной скорости.

В машине заводская магнитола, в руководстве пишут записывать MP3 с определенной скоростью, допустим,500кб/с, а неро предлагает маленькую, среднюю и т.д. Как быть?

Однозначного ответа не может быть. Всё зависит от длительности видео и производительности компьютера. Но если Вам интересно, возмите два видео одинаковой продолжительности с расширением mpeg2 и каким нибудь другим, и транскодируйте в формат DVD. Увидите разницу.

Сколько повремени происходит содание DVD с MPEG 2? У меня примерно с теме же файломи MKV, MP4
например 60 минут видео при высоком кодирование в 2-прохода примерно длится 120минут.

Самое быстрое транскодирование для DVD из MPEG 2. Потому что файлы VOB которые лежат в структуре DVD диска это и есть по своей сути те же MPEG 2.

Конвертировал MKV -> MP4 (1920*1080, 15000Кбит). В MP4 картинка лучше ИМХО, и точно не помню вроде как  транскодирование MPG, TS файлов происходит дольше по времени.

Для создания DVD дисков в идеале подходят видеофайлы MPEG 2. MKV лучше не использовать для перекодирования. Хотя у меня с матрёшкой проблем не было, и дело всё же в кодеках. Других причин я не вижу.

Создавались в проекте два файла MKV, первый в очереди нормально со втором проблема(параметры обоих файлов одинаковы 1280*720. кодеки, и.т.п.). В принципе проблему решил перекодированием в другой формат и обратно в Nero, все прошло успешно, правда уделяется больше времени для создания DVD.

Размазывается конкретный mkv? Или все?

Здравствуйте! В чем может быть проблема в Nero Vision 12 при создании DVD на последнем этапе транскодирования  фаила
...MKV происходит "размазывания" изображения. После успешного создания DVD видео проигрывается местами смазанное при движение объекта на старом месте остаются остатки частиц пикселей. Кодеки k-lite codec pack установлены, ОС Windows 7.